在食品工业用水的灭菌方式中，传统的方法是使用含氯杀菌剂和热杀菌。此外，还采用了臭氧处理、紫外线照射、膜(UF/MF)处理等工艺。这些方法都有各自的优缺点，对它们的性质、适用范围及注意事项等进行研究后，再根据具体情况灵活使用。
一、臭氧灭菌法
1.臭氧消毒机理及消毒特性。
臭氧气分解产生新的生态氧气和氧气。新生态氧气可以作用于细胞壁和细胞膜，如细菌和病毒，与脂质(脂类化合物)的双键反应。在此过程中，细胞膜会被破坏，酵素也会被破坏，从而产生杀菌作用。
采用浓度为0.3~0.5mg/L的臭氧杀菌剂，对芽孢杆菌的孢子进行杀菌处理。乳酸菌对臭氧的抵抗力较弱。报道显示最初2.3~5.6×109/mL，经过臭氧处理的30秒内的细菌，大部分死亡。
臭氧的杀菌效果，因细胞壁或细胞膜的不同，因微生物种类的不同而有很大的差别。
用臭氧处理芽杆菌的孢子和酵母，耗时较长，但若增加臭氧浓度，可适当缩短反应时间。事实上，臭氧浓度和接触反应时间可根据菌种来确定，也可适当选择。
按饮用水标准进行臭氧灭菌，接触反应时间可达5~8分种，臭氧发生器出口臭氧浓度在0.4mg/L以上(注入率2~3mg/L)，大多数情况下都是以上述条件作为运行管理指标。在同一个系统中，臭氧注入速率应该提高到5mg/L，而在这样处理的水中，细菌通常无法存活。
2、水中臭氧灭菌方法，不仅仅是灭菌设备，而是灭菌系统。
为了建立这个系统，应该注意以下几点。
(a)选择能够产生稳定臭氧的臭氧源，使之充满活力。近年来，臭氧生物活性研究的进展和技术水平有了显著提高。市场上有臭氧发生器，各种型号都有，如无声放电式、同极板式、陶瓷表面放电式等。从15g/h的小型机到40kg/h的大型机，都可以用PSA氧合机来组装成一个系列。
(b)臭氧原料的精制：除用于制造臭氧或冷库的小型臭氧设备外，还必须对工业规模臭氧生物质进行空气净化处理，将其用作臭氧原料，从而实现除尘和除湿。一般而言，使用静电放电的臭氧产生的臭氧浓度，以空气为原料时为1~3%，以氧气为原料时为2~6%，如果该净化处理工艺不完善，那么，不仅臭氧的生产效率低，而且原料中的不纯物未经净化部分进入臭氧处理水系统，成为氮氧化物。
在食品生产用水中采用臭氧杀菌法，臭氧原料应采用纯氧或PSA制氧机。
(c)水与臭氧的接触反应时间：臭氧的喷入量和接触反应时间，由作为杀菌对象的微生物种类和目标杀菌率来确定。这些因素包括建设成本。
(d)臭氧浓度管理：为使臭氧灭菌工作可靠进行，必须监测臭氧喷射浓度和臭氧溶解度，并将其控制在适当范围内。除了高精度的连续式臭氧浓度测定器之外，目前还开发了廉价的手持式臭氧浓度测定器，因此需要对臭氧浓度进行定期检测，并对其进行补救。在消毒过程中，水中的臭氧将不可避免地被排出系统外，因此必须对其进行除害处理，使臭氧排放量低于允许的浓度。
二、紫外线照射消毒方法。
UV杀菌机理及杀菌工艺特点。
在200~290mm波长的紫外线照可以射下，穿过细菌或病毒的细胞膜，对控制基因现象和生物功能核酸(DNA)造成破坏，使之失去繁殖能力，从而实现杀菌。
核酸(DNA)在250~260mm波长的紫外线照射下特别容易吸收。所以这个波长的紫外线有很强的杀菌作用。以待杀灭微生物所需的紫外线照射量为依据进行杀菌处理，不使水质发生任何变化，在极短的时间内进行瞬间杀菌，效果良好。此外，处理过程在直管式循环机上完成。
至于紫外线消毒，消毒容量的大小与处理水中的紫外线辐射量之比为mw·s/cm^2(紫外线消毒强度[mw/cm^2×时间])。紫外辐射量的大小与杀菌率的大小有关。
各种微生物对紫外线的敏感程度，因种类而异。根据芽孢杆菌属(含B.subtlis)的工厂试验结果表明，在D10=12.5mw·s/cm^2的照射下，可以达到99.5%的杀菌效果。所以，实际装置的设计照明功率等于D10×4，即50mw·s/cm^2。
紫外线杀菌的使用场合和注意事项
1紫外线消毒设备的选择：选择紫外线消毒设备时，应以臭氧产生量为标准，选择紫外线消毒设备时，应以处理水量为标准。消毒灯具的照明强度，随着使用时间的延长而衰减，因此，选择所需的紫外线辐射量，应以灯具的使用寿命为标准。
2.待处理水的特性：采用紫外线杀菌法，根据菌种对所处理水中所需紫外线的照射量，可初步发挥其作用。所以用紫外光处理水中的透射率是个难题。特别是含有混合物的水或糖液，在选择需要的紫外线辐射量时，要考虑到被处理水(溶液)的紫外线衰减因子。
3.温度特性：一般使用低压汞灯，40~50℃环境温度下，紫外线灯的照射率最高，水温较低时，杀菌效果较差，应加以考虑。
